Desde Cuiaba, la carretera Trans-Pantaneira penetra en el tercio superior del Pantanal descendiendo hasta el río fronterizo con Mato Grosso do Sul. Además de tener todas las especies por las que son famosos los humedales, es el área con la mayor probabilidad de ver al jaguar en toda América del Sur. También contiene la única reserva natural oficial en la región, el Parque Nacional de Mato Grosso Pantanal, al que se accede desde el Río Paraguay y que requiere un permiso especial para visitar.
